Następny dwuwiekowy okres charakteryzuje się upadkiem i odnową. Takie losy przeżywał zakon w całej Europie zachodniej, a także w Polsce, chociaż inne działały motywy i chronologia wydarzeń. Wiele klasztorów zlikwidował cesarz Józef II w poddanych sobie krajach. Jeszcze radykalniej niszczyła je Rewolucja francuska. Sekularyzację w krajach niemieckich sprowadziły wojny napoleońskie i traktat w Luneville (1801). Akcję kontynuował rząd pruski, jego pastwą padł ostatni klasztor benedyktyński na Śląsku, w Legnickim Polu (1810 r.).
Jako pierwszy z klasztorów sekularyzowana została Kościelna Wieś, gdy w 1782 r. król Stanisław August nadał ją ks. Sebastianowi Sierakowskiemu. Miejscowy prepozyt, o. Józef Damian Sadowski, z chwilą utraty praw Tyńca na rzecz króla, wycofał się do Lubinia i tam umarł.
Tyniec, pod rządami opata Floriana Amanda Janowskiego, odbudował mury zniszczone przez wojnę z 1771 r. Opat ten był biskupem tarnowskim w latach 1786—1801. W tym czasie Tyniec wyludnił się i utracił wiele swych posiadłości. Po śmierci Janowskiego zabroniono wyboru następcy. Co gorzej, celem germanizacji uniwersytetu krakowskiego przysłali tu niemieckich benedyktynów z Wiblingen. Po kilku latach trudnej symbiozy, Niemcy usunęli się, gdy Tyniec został włączony w granice Księstwa Warszawskiego. Po klęsce Napoleona granice przesunęły się znowu, a tynieckie opactwo na przełomie lat 1816/17 zostało rozwiązane. Powstała tyniecka diecezja; biskupem, z siedzibą w Tyńcu, został były przeor z Wiblingen, o. Tomasz Grzegorz Ziegler, który jurysdykcję rozciągał na tereny odłączone od diecezji krakowskiej na prawym brzegu Wisły. Niedogodność miejsca spowodowała przeniesienie siedziby biskupstwa do Bochni, a następnie do Tarnowa. Przy tej sposobności wiele pamiątek i książek tynieckich znalazło się w tarnowskich zbiorach. W 1831 r. pożar zniszczył budynki poklasztorne, które opuszczone zwolna popadały w ruinę. Jednocześnie wymierali dawni zakonnicy: o. Ignacy Tomaniewicz, ostatni przeor (1820), o. Jakub Łabowski, proboszcz (1833), wreszcie ostatni z mnichów, o. Szymon Niewolski (1844).
W 1819 r. na podstawie dekretu abpa Franciszka Malczewskiego kasacie uległy opactwa na Świętym Krzyżu i w Sieciechowie. Pozostali mnisi wymierali w rozproszeniu: ostatni ze świętokrzyskich o. Tomasz Dudziński (1854), ostatni z sieciechowskich o. Antoni Staszewski (1871). Smutnych losów doczekały się również kościoły, budynki klasztorne, biblioteki oraz cały dorobek z wielu wieków. Pozostał tylko klasztor w Pułtusku, zaangażowany w szkolnictwie.
Lubin i Mogilno wchodziły w skład Księstwa Warszawskiego, ale los ich został przesądzony z chwilą, gdy Wielkopolska wróciła pod jarzmo pruskie. Władze zadecydowały ich stopniową likwidację, konfiskacie więc uległy posiadłości, wzbroniono przyjmowania nowych członków, wyboru opata. Ostatecznie kasata spadła na Mogilno w 1833 r., a na Lubin w 1834 r. Budynki lubińskie uległy rozbiórce.
W 1844 r. rząd carski zlikwidował opactwo starotrockie, przenosząc pozostałych przy życiu zakonników do klasztorów w Horodyszczu i Nieświeżu.
Po upadku powstania styczniowego, skasowany został tak bardzo zasłużony klasztor w Pułtusku. Wychowało się tu wielu znanych ludzi, np. o. Anzelm Załęski, filolog, tłumacz Sarbiewskiego i św. Jana Złotoustego. Ostatni członkowie zgromadzenia, o. Hilary Leśniewski, proboszcz w Nowem, i o. Romuald Batogowski, proboszcz w Podstoliskach, dożyli do progu XX w.
W latach 1864 —1865 kasacie uległy dwa pozostałe klasztory w Nieświeżu i Horodyszczu. We wszystkich wypadkach zamknięciu klasztorów towarzyszyła krzywda ludzka, grabież dorobku i wielkie straty dla polskiej kultury.
Kilkanaście lat trwał okres, gdy benedyktyni Polacy żyli rozproszeni w obcych krajach. Pełnili rolę ogniwa łączącego historię polskich benedyktynów w całość. Dlatego warto wspomnieć tu brata konwersa Kazimierza (nazwisko nieznane), który w wieku 85 lat zmarł w opactwie św. Wincentego w Pensylwanii (1895 r.), do następnego pokolenia należał tamże br. Jacek Tomczak, emigrant z Polski (zm. 1913 r.). Współcześnie z nim żyli na Monte Cassino o. Kazimierz Bakanowski, brat słynnego zmartwychwstańca, w Tanzenbergu w Karyntii o. Placyd Nierzwicki (zm. 1914 r.); wreszcie w Muri-Gries w Szwajcarii br. Kazimierz Łuczycki z Ossolinki (zm. 1917 r.). W tym czasie jednak nadzieje na powrót benedyktynów do Polski zyskiwały mocne podstawy.
Succisa virescit. Sprawdziło się to w dziejach Zakonu w ciągu XIX w. Rewolucja francuska, jej następstwa na terenie Niemiec podcięły egzystencję wielu opactw, ale też odrodzenie przyszło z Francji i Niemiec. Głównym promotorem odnowy był o. Prosper Guéranger, opat z Solesmes, odnowiciel wielu klasztorów we Francji, twórca kongregacji solesmeńskiej. Środowisko to zainteresowało polską emigrację. W Solesmes bywał od r. 1865 ks. Walerian Kalinka, zmartwychwstaniec, współpracując z o. Alfonsem Guépin nad życiorysem św. Jozafata Kuncewicza. Nazwiska obu uczonych weszły następnie do lokalnej historii Tyńca. Ks. Kalinka zabiegał o sam zrujnowany klasztor, dopóki planów tych nie pokrzyżowała śmierć ks. Kajsiewicza. Ze swej strony, w r. 1880, o. Guepin czynił to samo, pod naciskiem sytuacji politycznej we Francji. Rozmowy toczyły się u kard. Czackiego, ale zamysł spełzł na niczym i francuska fundacja skierowała się do Silos w Hiszpanii.
Na przyszły bieg wypadków decydujący wpływ wywarli dwaj bracia Wolterowie, kolejni opaci w Beuron. W Beuron rozpoczął życie zakonne ks. Edmund Radziwiłł (imię zakonne: Benedykt).
Rychła jego śmierć zawiodła nadzieje, które wiązano z nim w Polsce. Beuron dało początek wielu klasztorom, m.in. w Pradze, skąd wyjść miała fundacja lubińska. Kongregacja beurońska rozrosła się szybko dzięki mądrym prawom. Z ufundowanego przez Beuron opactwa w Maredsous wyrosła kongregacja belgijska, interesująca ze względu na Tyniec.
Jednocześnie na najwyższym szczeblu spełniały się zamysły ściślejszego zorganizowania benedyktynów. Całe ich dzieje, czy to powszechne w Kościele, czy to partykularne w Polsce — jak to już zaakcentowano — wyrażały się w tendencjach dośrodkowych i odśrodkowych. Tym razem, 12 VII 1893 r., papież Leon XIII wydał breve Summum semper, łącząc wspólną konfederacją wszystkich benedyktynów na świecie. Papież mianował o. Hildebranda de Hemptinne, opata z Maredsous w Belgii, opatem-prymasem konfederacji z siedzibą przy uniwersytecie benedyktyńskim św. Anzelma.
Na tym tle wyjaśnia się niepowodzenie pewnej akcji, która ponownie obudziła nadzieje w Polsce. W 1892 r. pojawił się w Krakowie o. Majolus Lamey, tytułujący się wielkim przeorem z Cluny, i rozpoczął zabiegi o Tyniec. Jego korespondencja z kolejnymi krakowskimi biskupami, kard. Dunajewskim i kard. Puzyną, oraz z ksienią staniątecką przeciągnęła się do 1898 r. Klęska jego projektów wynikała z odosobnienia w czasach, gdy dokonywało się zjednoczenie. Lamey, pogrobowiec romantyzmu, w latach gdy liczyły się wszelkie przejawy zainteresowania benedyktynów Polską, spełnił swe zadanie. Kardynał Puzyna, chociaż energicznie przerwał z nim korespondencję, zwrócił uwagę na Tyniec, zabiegał o fundację w Solesmes, a następnie z Beuron, on wreszcie wydobył Tyniec z rąk kamery austriackiej i przez to ułatwił drogę do jego przyszłej odnowy.
